Σκοπός του Τμήματος Διαχείρισης είναι η διαχείριση χρηματοοικονομικών και λογιστικών πράξεων της  Διεύθυνσης Οικονομικής Διαχείρισης καθώς και η τήρηση του ηλεκτρονικού της Ταμείου.
Πιο συγκεκριμένα, στην αρμοδιότητα του Τμήματος υπάγονται:

• Η τήρηση του ηλεκτρονικού Ταμείου.
• Η λογιστική διαχείριση των εσόδων και εξόδων.
• Η απόδοση και πληρωμή των κρατήσεων των χρηματικών ενταλμάτων,
• Η παρακολούθηση των τραπεζικών λογαριασμών της Διεύθυνσης Οικονομικής Διαχείρισης,
• Η παρακολούθηση των εσόδων από πρόστιμα δικαστικών αποφάσεων, τηλεφωνικές υπερβάσεις, δίδακτρα μεταπτυχιακών προγραμμάτων, παράβολα, δανεισμό βιβλιοθηκών και διαγωνισμούς
• Τήρηση αρχείων μηνιαίων extraits τραπεζικών λογαριασμών, καταστάσεων απόδοσης κρατήσεων και ημερήσιων καταστάσεων πληρωμής προς την Τράπεζα.